De acordo com um artigo publicado no Canadian Journal of Psychiatry em 2016, a estimulação magnética transcraniana está entre um dos tratamentos mais eficazes quando comparado com outras técnicas de neuromodulação, como a eletroconvulsoterapia e estimulação do nervo vago.
A EMT geralmente demora algumas sessões para fazer efeito e após o tratamento inicial necessita de um período de tratamento de manutenção, para diminuir as chances do paciente apresentar recaídas.
A EMT fortifica áreas cerebrais envolvidas no processamento de emoções e atua no equilíbrio razão e emoção, modificando sinapses cerebrais.

Pacientes com depressão, ansiedade, fibromialgia, TOC e dor cronica têm uma atividade aumentada nas regiões ligadas à emoção (cíngulo subcaloso) e uma atividade diminuída na razão (córtex pré-frontal dorsolateral).

Sessões repetidas de EMT ativam os mesmos processos celulares envolvidos em aprendizagem e condicionamento e resultam em aumento na atividade do córtex pré-frontal (razão) que se fortalece em relação ao cíngulo subcaloso (emoção) e favorece o balanceamento entre razão e emoção.

Esse aumento de atividade, pode ser percebido pelo paciente como uma sensação de maior controle sobre suas emoções e impulsos. Emoções passam a ter impacto mais leve na consciência e evitam que a atenção fique presa em ruminações e preocupações.

Essas mudanças possibilitam que os interesses, o grau de energia e o ânimo, voltem a se elevar e ajudem o paciente a sair do estado depressivo.

Em psiquiatria a técnica de EMT é indicada em caso de alucinações auditivas em pacientes com esquizofrenia. Estudos tem demonstrado que pessoas com Alzheimer em estágio inicial, quando receberam o tratamento com EMT, tiveram um avanço mais lento da doença. Outros estudos apoiaram ainda mais os potenciais benefícios cognitivos da EMT, indicando melhorias na capacidade nomeação e recordação de palavras, e na memória espacial.

A sessão de Estimulação Magnética Transcraniana pode durar de 20 a 60 minutos. Os pacientes precisam realizar 30 sessões na fase inicial, também chamada fase de indução. Após essa fase inicial do tratamento existe a fase de manutenção com sessões que variam de uma vez por semana a uma vez a cada 2 ou 3 meses.
Durante o procedimento, o paciente fica sentado ou deitado confortavelmente, vestindo uma touca, enquanto uma bobina é colocada sobre sua cabeça.
Em seguida, a máquina-bobina gera pulsos magnéticos que agem em áreas específicas no córtex cerebral, equilibrando o fluxo de neurotransmissores e melhorando a qualidade das sinapses, o que resulta em uma amenização dos sintomas depressivos e até mesmo psicóticos, como no caso das alucinações auditivas.

Efeitos colaterais dos MEDICAMENTOS: ansiedade, diarréia, tontura, fadiga, dor de cabeça, aumento do apetite, enxaqueca, náusea, nervosismo, problemas de sono, disfunção sexual, ganho de peso.

Efeitos colaterais da EMT: Dores de cabeça leves, risco de convulsões de 1 em 50.000, ou 0.00002%, considerado risco muito baixo ou muito improvável.

A principal contraindicação é um histórico de convulsões ou epilepsia, pois as alterações feitas pelos pulsos magnéticos no córtex cerebral pode desencadear crises convulsivas.
Outras contraindicações são possuir marca-passo cardíaco, desfibrilador interno, clipes metálicos cerebral e implante coclear.

O tratamento inicial tem, em média, 30 sessões. Estas podem ser feitas diariamente, de segunda a sexta, fazendo o tratamento durar cerca de 6 semanas. Entretanto, esses números não são fixos e variam de caso para caso.

Existe a possibilidade de tratamento intensivo, onde são realizadas 5 sessoes por dia, de segunda a sexta, por 2 semanas.

A frequência das sessões pode ser modificada de acordo com a evolução do quadro, o que garante que o paciente será tratado adequadamente. Por isso, é difícil dizer quanto tempo o tratamento dura, uma vez que pode ter durações diferentes dependendo do caso.

A EMTr não possui um efeito imediato, assim como o uso de medicamentos. No entanto, ela costuma ser muito eficaz e seus efeitos podem ser sentidos quando chega na metade do tratamento.

 É comum que o próprio paciente demore um pouco para se dar conta de que o tratamento está funcionando, pois as mudanças iniciais costumam ser bem sutis.

Não é necessário parar de usar a medicação para fazer a EMT.
Estudos mostram que a administração de antidepressivos com a estimulação magnética transcraniana traz resultados mais eficazes, por isso, o médico pode manter a medicação para auxiliar no tratamento.

À medida que a pesquisa avança, fica claro que com sessões de manutenção os benefícios do tratamento são prolongados. A vida pode ter seus altos e baixos, mas uma vez que sabemos que o tratamento funcionou para você, podemos oferecer sessões de "recarga" sempre que você sentir que precisa de um reforço.

A maioria dos pacientes se sente completamente bem e pode continuar com seu dia normalmente. Um pequeno número (um em cada dez) tem uma leve dor de cabeça após o tratamento, que pode ser tratada com analgésicos normalmente. Alguns pacientes se sentem cansados após o tratamento; isso é particularmente provável se você fizer várias sessões em um dia.

Sim, quadros como depressão, associada a ansiedade, ou ansiedade associada a insônia podem ser tratados em conjunto.